Одной из причин резкого снижения урожайности подсолнечника является поражение растений комплексом грибных заболеваний. Наиболее опасным является карантинное заболевание — фомопсис подсолнечника (Diaporthe helianthi). В целях недопущения ввоза и распространения с семенами этого заболевания в Российской Федерации партии семенного материала исследуются на наличие возбудителя фомопсиса подсолнечника при ввозе.
Фомопсис подсолнечника является вредоносным заболеванием в странах, занимающихся промышленным выращивание семенного и товарного подсолнечника. Вредоносность болезни зависит от восприимчивости и возраста растений, степени их поражения, погодных условий. Возбудитель поражает все надземные органы растения. Он распространяется по сосудистой системе, выделяя токсины и пектолитические ферменты.
На стебле, цветоносе или на корзинке поражение проявляется в виде коричневых пятен с диффузными краями. Пораженные растения теряют тургор и увядают, а при сильном ветре они легко ломаются. Потери урожая семян подсолнечника могут достигать свыше 50%. У зараженных семян снижаются выход (до 40 %) и качество масла, уменьшаются всхожесть, масса семян и их выполненность.